ისტორია
XIII საუკუნის მიწურულს საფარისათვის ახალი ეპოქა იწყება. 30-იანი წლებიდან საქართველოს მონღოლები შემოესივნენ. სამცხე ამ დროს უკვე გამოყოფილია საქართველოს სახელმწიფოსაგან, რომლის მმართველი - ჯაყელები უკვე მონღოლთა ცენტრალურ ხელისუფლებას ემორჩილებიან, თუმცა მაინც ატარებენ ქართულ საკარისკაცო წოდებებს. სწორედ ამ პერიოდში XIII-XIV საუკუნეებში ჯაყელებმა გადააქციეს საფარა თავის რეზიდენციად და საგვარეულო საძვალედ.

XVI-XVII საუკუნეთა მიჯნაზე, სამცხეში თურქების დამკვიდრების შემდეგ, საფარა დაცარიელდა. ისევე, როგორც მესხეთის სხვა ეკლესია-მონასტრებიდან, საფარადანაც გახიზნეს ხატები და სხვა განძეულობა. მონასტრის უმთავრესი ხატი - წმ. საბასი - იმერეთში, სოფელ ჩხარის ეკლესიაში დაუსვენებიათ. განძის ნაწილი ქართლში სოფელ არდეთში მოხვდა.

მეფე თეიმურაზ I-ის 1630 წლის ერთ-ერთი სიგელი ადასტურებს, რომ საფარის წინამძღვარი არსენ ავალიშვილი იმ ხანებში გამოუძევებიათ საფარიდან.

ვიკიციტატა
„უღმრთოთა მაჰმადიანთა მიერ მონასტერი ყოვლად დიდებული მოოხრებულიყო, პატიოსანი ხატი წასუენებულიყო, მამულნი სოფელნი, დაბანი წახდომილყუნეს. ხოლო ვინც დარჩა მონასტრის ყმათაგანი, მოვაგროეთ და დავასახლეთ სანახებსა ქართლისასა არადეთისა ბოლოს, სადაც ადრევე გამოხიზნულნი მესხნი ცხოვრობდნენ.“
XVIII საუკუნის პირველ ნახევარში, ვახუშტის ცნობით, საფარას მონასტერი "შვენივრად დიდშენი, გუმბათიანი, შემკული ყოვლითა საეკლესიოთა და წმინდანთა ნაწილებითა", ერთი მღვდელის ამარა იყო დარჩენილი. საფარელი მღვდელი გიორგი ზედათმოგვის 1773 წლის წარწერაში იხსენიება.

XIX საუკუნეში საფარის მონასტერი სრულად მიტოვებული და გავერანებული იყო. საფარაში სასულიერო მოღვაწეობა 50-იანე წლებიდან იწყება. თავიდან მონასტერში ქართველი ბერები დაემკვიდრნენ ხოლო 1893 წელს რუსული მონასტერი დაარსდა. რუსულმა მონასტერმა საბჭოთა პერიოდამდე გასტანა მხოლოდ.