დაარსებული უნდა იყოს V საუკუნეში (506 წ. ბოდბელი მღვდელმთავარი ლაზარე აღმოსავლეთ საქართველოს ეპისკოპოსებთან ერთად დვინის საეკლესიო კრებას ესწრებოდა). მოიცავდა ქიზიყს სოფელ კონდოლის ხაზამდე. XV საუკუნიდან მნიშვნელოვან როლს ასრულებდა კახეთის სამეფოს ისტორიაში. XV საუკუნის დასასრულს და XVI საუკუნის დასაწყისში კახეთის მეფეებმა ბოდბელ ეპიკოპოსს ერთ-ერთი სადროშოს (სამხედრო ოლქის) მეთაურობა ჩააბარეს. ბოდბის საეპისკოპოსო დიდძალ ყმა-მამულს ფლობდა. 1751-1764 წლებში მის განკარგულებაში იყო დავით გარეჯის მონასტერი, რომლის არქიმანდრიტ-წინამძღვრად ბოდბელი ითვლებოდა. XIX საუკუნის დასაწყისში საეპისკოპოსოში 100-ზე მეტი სამრევლო ეკლესია ირიცხებოდა. 1811 წელს საქართველოში რუსეთის მმართველობის მიერ ჩატარებული საეკლესიო რეორგანიზაციის შედეგად ბოდბის საეპისკოპოსო გაუქმდა და ახლად ჩამოყალიბებულ კახეთ-ალავერდის ეპარქიაში შევიდა.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ, საქართველოს პირველ საეკლესიო კრებაზე განახლებულად ჩაითვალა ბოდბის საეპისკოპოსოც. მისი მართვა დროებით შეთავსებული ჰქონდა ალავერდელ მღვდელმთავარს. 1925 წლის 22 ოქტომბერს საკათალიკოსო საბჭოს დადგენილებით, ალავერდის ეპარქიას გამოეყო ბოდბის ეპარქია.